সশস্ত্র পন্থায় বাংলাদেশকে স্বাধীন করার লক্ষ্যে একটি বিপ্লবী সংস্থা গঠন করেছিল। তাদের পরিকল্পনা ছিল, একটি নির্দিষ্ট সময়ে আমরা বিভিন্ন গ্রুপে বিভক্ত হয়ে পূর্ব পাকিস্তানের সবকটি ক্যান্টনমেন্টে কমান্ডো স্টাইলে হামলা চালিয়ে পশ্চিম পাকিস্তানিদের অস্ত্র কেড়ে তাদের বন্দি করব এবং বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমানের নেতৃত্বে বাংলাদেশের স্বাধীনতা ঘোষণা করব। কিন্তু তার আগেই ’৬৮-র ২ জানুয়ারি ‘ডন’ আমাদের কর্মকাণ্ডের কিছু তথ্য ফাঁস।
তারই পরিপেক্ষিতে ১৯৬৮ সালের জানুয়ারিতে শেখ মুজিবুর রহমানকে প্রধান আসামি করে আইয়ুব খানের সরকার রাষ্ট্রদ্রোহিতার মামলা দায়ের করে। সরকারি নথিতে এই মামলার নাম ছিলো ‘রাষ্ট্র বনাম শেখ মুজিবুর রহমান এবং অন্যান্য’। এ মামলায় বঙ্গবন্ধুসহ অভিযুক্ত ছিলেন ৩৫ জন।
ঢাকা সেনানিবাসে বিশেষ ট্রাইব্যুনালে এই মামলার বিচার কার্য শুরু হয় ১৯৬৮ সালের ১৯শে জুন।
গণআন্দোলনের মুখে ১৯৬৯ সালের ২২ ফেব্রুয়ারি আগরতলা ষড়যন্ত্র মামলা প্রত্যাহার করে নিতে বাধ্য হয় এবং শেখ মুজিবসহ সকল বন্দিকে নিঃশর্ত মুক্তি দেয়া হয়।